Während eines Routine-Angriffs von Sonic auf Dr. Eggmans Hauptquartier, um Cream the Rabbit und ihren Chao Cheese zu retten, geraten Sonic und seine Freunde in eine riesige und mysteriöse Explosion und werden in eine andere Dimension transportiert. Von seinen Freunden getrennt, findet sich Sonic in einem Pool wieder und da er nicht schwimmen kann, scheint für ihn sein letztes Stündchen geschlagen zu haben. Doch ein Junge namens Chris Thorndyke rettet Sonic aus dem Wasser..