Japon, fin de l’ère Meiji. La paix règne sur le Japon et Kenshin Himura, autrefois surnommé "Battosai", a raccroché son sabre de samouraï. Bien qu’il se soit marié avec Kaoru, il continue de voyager en solitaire à travers le Japon et de se rendre utile car son passé d’assassin le hante toujours, malgré tout ce qu’il a fait pour essayer de se racheter. Bientôt, il se rend en Chine avec son fils, Kenji, pour participer à une nouvelle guerre. De son côté Kaoru, qui est malade, attend le retour de son mari, qui souffre de la même maladie qu’elle et dont les jours sont malheureusement comptés. Kenshin reviendra-t-il à temps avant que la maladie n'ait raison de lui ?