On découvre qu'une puissance ennemie vole des missiles de défense nucléaire placés secrètement sur le fond des océans. Le Secrétaire d'Etat ordonne à Nelson de rechercher le coupable, envoyant le Destroyer U.S. Macklin à son aide. Nelson et Crane s'envolent dans le sous-marin volant et aperçoivent rapidement un sous-marin renégat inconnu. Soudain, des missiles provenant du sous-marin atteignent le sous-marin volant, et alors que Crane s'éjecte, Nelson est forcé de s'écraser en mer. Nelson est récupéré par le Macklin, mais Crane est capturé par le sous-marin ennemi, où le Capitaine Ruiz lui explique qu'ayant déjà volé trois missiles, il ne lui en faut plus qu'un pour que son pays devienne une puissance nucléaire reconnue...