Les agents du NCIS poursuivent leurs enquêtes sur des affaires impliquant des militaires de la Navy, qu'ils soient victimes, coupables ou simples témoins. Gibbs et son équipe commencent par s'intéresser au cas d'un homme disparu six mois plus tôt. L'explosion d'une voiture semble reliée à ce mystérieux dossier. Plus tard, c'est la mort d'une femme, tombée du haut d'un bâtiment, qui occupe les spécialistes.