Il direttore Vance assegna a Gibbs il caso di un tossicodipendente adolescente accusato di parricidio; tuttavia il crimine è ormai compiuto da due settimane, e le indagini della polizia sembrano portare alla sua colpevolezza. Le circostanze dell'omicidio lasciano Gibbs perplesso fin dall'inizio: quando l'NCIS comincia a trovare delle incongruenze nelle indagini crede all'innocenza del ragazzo, aumentando così i contrasti con Vance. Ma la verità non è mai come sembra.