Sydney Bristow odkrywa, że jej praca jako agentki SD-6, ściśle tajnego oddziału CIA, skrywa kilka śmiertelnych sekretów, które zagrażają bezpieczeństwu wolnego świata. Mimo ostrzeżeń, Sydney wyjawia swój sekret swojemu narzeczonemu Danny'emu, który później zostaje zamordowany. Sydney odkrywa, że jej ojciec, Jack, również jest SD-6 i że grupa nie jest częścią CIA, ale w rzeczywistości wrogiem Stanów Zjednoczonych. Sydney zwraca się o pomoc do prawdziwego CIA i zostaje zatrudniona jako podwójny agent pod dowództwem oficera operacyjnego Vaughna. Jej misją jest teraz dokończenie swoich spraw w SD-6, jednocześnie zgłaszając swoje ustalenia z powrotem do CIA. Ale kiedy Sydney dowiaduje się, że jej ojciec jest również powiązany z CIA, zaczyna zastanawiać się, gdzie naprawdę leży jego lojalność.