Уставшие после первой битвы с новым Шреддером, черепахи сомневаются, что смогут победить его. Чтобы поднять им настроение, Сплинтер и Старейший рассказывают историю о гораздо более молодых днях черепах. История показывает, что, хотя черепахи были маленькими, они преодолели невозможные шансы победить темного и мистического фантома, стремящегося вернуть к жизни Истинного Шреддера, хотя они могут и не помнить этого.