私立莉莉安女子学园创立于明治三十四年,原本是为贵族的千金小姐而设,是一所具有深厚传统的天主教女子学园。学园位于东京郊外的武藏野,四面环翠,被诸神守护,是为少女提供幼儿园直通大学的精英教育的乐园。 在莉莉安女子学园的高中部,存在着一种叫sœur(法语中“姐妹”的意思)的制度。像是姐姐带领着妹妹一样,学姐指导着学妹,就算没有严厉的校规,也能传承纯洁正派的学园生活。 学园由相当于普通学校学生会的山百合会管理,其正式的干部成员只有“红蔷薇”“黄蔷薇”“白蔷薇”3位蔷薇大人。蔷薇大人的妹妹们则称为花蕾,作为下届的蔷薇,被大家所认同。 某天清晨,学园的普通一年级生福泽祐巳在向圣母玛利亚的雕像祷告时,被人从后面叫住了。而声音的主人就是红蔷薇的花蕾,莉莉安女学园的明星,小笠原祥子…… 小小的领结促成了命运的邂逅,也拉开了这段美丽少女物语的序幕。